工程合同纠纷的处理方式有：
1、当事人自愿协商解决；
2、第三人（人民调解委员会）居中调解；
3、向仲裁委员会申请仲裁；
4、向人民法院起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又无仲裁条款，则可以向人民法院起诉。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第七百八十八条
建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
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工程合同纠纷可以找工程所属地的建设局，安监局，质监局等部门投诉反映。另外，也可以由双方协商解决。协商不成的，一方可以写好起诉状，向对方所在地或者工程合同合同履行地的法院起诉解决。
法律依据：
《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第五百八十三条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫工程合同争议可以通过协商、和解、仲裁、诉讼处理。发生工程合同争议时，合同当事人可以率先私下协商处理争议，协商不成的可以按照工程合同的约定交由指定机构进行仲裁，或向人民法院提起诉讼。法律依据：《仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。